
Los primeros antecedentes del Club de Fútbol de la Universidad de Chile se remontan a 1902 con la fundación del Instituto Pedagógico Football Club y el Internado Football Club, este último constituido el 20 de mayo de ese año, mismo día en que el Internado Nacional Barros Arana comenzó a funcionar de manera independiente al Instituto Nacional, siendo su plantel conformado mayoritariamente por ex estudiantes y universitarios.
En 1905 el Internado F.C. comenzó a participar oficialmente en la Copa Municipal de la Asociación Arturo Prat (AAP), competición que agrupó a los equipos de distintas instituciones educacionales de Santiago y en cuya primera versión se tituló campeón el Sacred Hearts F.C., representativo del Colegio de los Sagrados Corazones de Santiago. Paralelamente, en 1909 aparecen los primeros registros de la conformación de un equipo de fútbol al interior de la Universidad de Chile, específicamente con la disputa del primer Clásico Universitario entre las selecciones estudiantiles de la Universidad de Chile y la Universidad Católica, el 1 de noviembre de 1909.
En tanto, en el Internado F.C., tras consagrarse campeón de la Copa Municipal en 1910, bajo la presidencia de Lotario Matus, algunos jugadores y directivos del club propusieron ir más allá de las competiciones estudiantiles e incorporar un equipo a la Asociación de Football de Santiago (AFS), entidad creada en 1903 en la que se desempeñaban los principales clubes de la capital. Finalmente, el 25 de marzo de 1911 el Internado F.C. firmó su desvinculación con el Internado Nacional Barros Arana, afiliándose a la AFS el 30 de marzo de 1912.
Por otro lado, si bien durante los años 1910 y 1920 existieron diversos equipos de distintas disciplinas dentro de la Universidad de Chile, entre los que se incluyó el fútbol, la primera organización deportiva formal nació el 1 de abril de 1919, con la creación de la Federación Deportiva de la Universidad de Chile, cuyo génesis se halla en un movimiento estudiantil dentro de la universidad y que fue presidida inicialmente por Arturo Flores Conejeros. Otras fuentes, no obstantes, señalan que la creación de la Federación habría acontecido en 1923
De manera independiente a esto, el 19 de agosto de 1925 se crea el Club Atlético Universitario y en 21 de abril de 1926 el Club Náutico Universitario, de cuya amalgama, junto al Internado Football Club, y con el respaldo de la Federación Deportiva de la Universidad de Chile, nació el Club Universitario el 24 de mayo de 1927, siendo esta considerada de manera oficial como la fecha de fundación del club actual. Algunos autores, sin embargo, rechazan esta posición al señalar como fecha de fundación del Club de Fútbol de la Universidad de Chile el 20 de mayo de 1902, indicando que más que una nueva institución, el Club Universitario corresponde a la misma entidad con el Internado F.C.Para sustentar dicha afirmación se basan varias notas de los medios de comunicación de la época que apuntan al cambio de denominación de la institución, de Internado F.C. a Club Universitario, así como a la conmemoración de su aniversario número 25 durante 1927.